前節では、完全無作為化デザインの中の最も単純な完全無作為化１要因デザイン
について述べた。この節では、完全無作為化デザインで要因数が２つの場合、
すなわち完全無作為化２要因デザインについて述べる。
２要因デザインでは、１要因デザインには存在しないいわゆる交互作用の問題 が生ずる。交互作用には、さらに全体的交互作用 (overall interaction) と部分 的交互作用がある。前節で主効果が統計的に有意の場合にその部分的効果が どこにあるかを多重比較により検討したように、２要因以上のデザインで交互 作用が統計的に有意の場合にも、部分的交互作用の検定が必要となる。ただし、 後に見るように、この問題は多重比較の時ほど単純ではなく、現段階でもそれに 対する対処の仕方については専門家の間でも完全に意見が一致しているわけでは ない。